Плохая Magento

Самый главный недостаток - Magento жестко определяет стек технологий на котором вы будете работать. Это MySQL + Elasticsearch и никаких вольностей типа PostrgeSQL или Sphinx.

После ввода санкций Elasticsearch закрыл доступ к своим репозиториям с российских IP. Adobe тоже ушла из РФ. При сохранении санкций могут быть трудности с доступом к исходникам и документации. 

Тут нам не рады

Отсутствие русскоязычного комьюнити. Совсем. Все на английском. Англоязычное комьюнити тоже не радует. Оно есть, но не большое и на каждый чих ответов не найдешь. И в значительной части это комьюнити - фирмы-разработчики модулей на Magento.

Официальная документация, описывающая создание модуля

Очень бедно с официальной документацией. Перевода на русский нет и не будет. Чуть исправляют ситуацию англоязычные разработчики со своими статьями HowTo.

Выход новых версий достаточно редкое явление. Многие известные баги не закрывают месяцами.

Все дополнительные модули платные. С оплатой могут быть проблемы.

Не смотря на то, что из коробки идет богатая функциональность, доработки под свои нужды потребуют знания программирования. Поиск специалистов под это дело может оказаться нетривиальной задачей, система не очень популярна в России.

Дождались

При любых более-менее значимых изменениях CMS приходится пересобирать. Это нудный и длительный процесс.

В целом Magento четко ориентирована на североамериканский рынок. Это такой Bitrix для США. Можно ли сделать интернет-магазин для Америки на Bitrix? Безусловно, да. Нужно ли?